Elle est l’une des plus anciennes de Genève, datant du XIIIe siècle. Reconstruite après l’incendie de 1334 qui détruisit la Vieille Ville.

En 1535, le curé, proche des thèses réformistes, invita Guillaume Farel à prêcher.

Suite à l’invasion de Genève par les armées françaises, en 1803, elle redevint catholique jusque vers 1870, époque où le Pape Pie IX provoqua une scission chez les catholiques et l’Eglise Saint-Germain devint alors propriété de l’église catholique chrétienne de Suisse.