En 1559, Jean Calvin créa son propre collège dans lequel il enseignait. Il y créa également une Académie dont Théodore de Bèze en devint le premier recteur.

Fort de son immense succès, l’Académie s’imposa, en 1872, au titre d’Université. Durant fort longtemps, le Collège Calvin fut le seul collège scolaire de Genève, qui a su garder, malgré de nombreuses restaurations, un remarquable cachet.

De nos jours, le bâtiment est un collège d’enseignement secondaire.