C'est une ancienne maison forte du XIVe siècle, transformée par la suite en gentilhommière. Le domaine de Penthes a été acheté par l'Etat de Genève en 1972, puis remis en 1978 à la Fondation pour l'histoire des Suisses de l'étranger afin d'y implanter le siège de l'Institut National de Recherches Historiques sur les Relations de la Suisse avec l'étranger.

Le Musée du Château de Penthes collectionne et expose des objets historiques et des témoins de l'histoire des Suisses dans le monde du XVe siècle à nos jours. La collection renferme des documents originaux tels que brevets, contrats, lettres, journaux intimes, cartes géographiques, photographies, récits de voyage et également des livres anciens et modernes, des gravures, des portraits, des sculptures, des armes, des uniformes, des meubles, enfin toute sorte d'objets faisant partie du patrimoine historique suisse et international.